第１部　基礎
　第1章　導入
　　1.1　何を理解したいのか
　　1.2　どのように理解できるのか
　　1.3　生命現象をイメージする

　第2章　エネルギー論
　　2.1　生命の駆動力と熱力学第二法則
　　2.2　生命現象の自由エネルギー源
　　2.3　細胞のエネルギー代謝

　第3章　反応速度論
　　3.1　酵素
　　3.2　酵素反応速度論
　　3.3　反応阻害
　　3.4　反応速度
　　3.5　酵素と基質の結合
　　3.6　アロステリック効果
　　3.7　細胞内での反応

　第4章　力学系
　　4.1　力学系
　　4.2　固定点と線形安定性解析
　　4.3　振動現象
　　4.4　分岐
　　4.5　反応拡散系と拡散不安定性

　第5章　マルコフジャンプ過程
　　5.1　マルコフジャンプ過程
　　5.2　マスター方程式
　　5.3　状態
　　5.4　詳細つり合い
　　5.5　確率的なシミュレーションとギレスピーアルゴリズム
　　5.6　ゆらぎの熱力学
　　5.7　ゆらぎの熱力学の例――確率的な第二法則の破れとゆらぎの定理

　第6章　熱ゆらぎと拡散現象
　　6.1　ブラウン運動
　　6.2　熱ゆらぎ
　　6.3　ランダムウォーク
　　6.4　マスター方程式
　　6.5　拡散方程式
　　6.6　外力下のブラウン運動と移流拡散方程式
　　6.7　アインシュタインの関係式
　　6.8　ランジュバン方程式
　　6.9　フォッカー–プランク方程式
　　6.10　ブラウン運動の次元と再帰性
　　6.11　拡散方程式の解
　　6.12　さまざまな拡散現象
　　6.13　ランジュバン方程式でのゆらぎの熱力学

　第7章　分子と相互作用
　　7.1　高分子の弾性
　　7.2　高分子溶液
　　7.3　タンパク質
　　7.4　相互作用
　　7.5　分子間力
　　7.6　エントロピー力
　　7.7　その他の力

　第8章　情報
　　8.1　情報量
　　8.2　通信
　　8.3　情報理論の生命現象への応用··
　　8.4　情報処理の物理
　　8.5　情報熱力学

第２部　分子のスケール
　第9章　分子機械
　　9.1　生体分子機械の働くスケール
　　9.2　生体分子機械の自律性
　　9.3　生体分子機械の例
　　9.4　動くためには何が必要か
　　9.5　マルコフジャンプ過程
　　9.6　協働性
　　9.7　熱ゆらぎの整流とブラウニアンラチェット
　　9.8　連続モデル
　　9.9　効率
　　9.10　何を最適化しているのか
　　9.11　最適制御

　第10章　分子機械の速度論
　　10.1　1分子観察
　　10.2　トラジェクトリと律速段階
　　10.3　遷移率の推定と滞在時間分布
　　10.4　外力の影響
　　10.5　プローブの影響
　　10.6　複数のモーターによる運動

　第11章　情報複製
　　11.1　正確な情報複製=正確な基質認識
　　11.2　速度論的なエラー抑制
　　11.3　速度論的校正
　　11.4　エラー率とコストのトレードオフ
　　11.5　集団による情報の保持――遺伝情報の起源

第３部　細胞のスケール
　第12章　細胞の制御
　　12.1　細胞のモデル化
　　12.2　制御
　　12.3　センサ
　　12.4　シグナル伝達
　　12.5　シグナル伝達の感度
　　12.6　シグナル伝達の例:大腸菌の走化性
　　12.7　転写制御

　第13章　細胞の動的構造
　　13.1　細胞膜
　　13.2　細胞骨格
　　13.3　細胞骨格の動的な振る舞い
　　13.4　大変形とその制御
　　13.5　生体分子凝縮体

　第14章　微生物の遊泳と集団運動
　　14.1　小さい系の流体力学と微生物の遊泳
　　14.2　微生物の遊泳
　　14.3　相互作用
　　14.4　集団運動